Die Skull Egg Zone ist eine Zone (ein "Taschenuniversum" wie es Miles "Tails" Prower deffiniert) zwischen dem Universum von Sonic the Hedgehog und Mega Man.
Um weitere Eroberungspläne ohne großes Aufsehen zu errichten, bauten Dr. Eggman und Dr. Wily nach ihrem Büdniss die Zone weiter aus. Wie sich auch der Name der Zone aus zwei Komponenten der unterschiedlichen zwei Welten zusammensetzt, so tauchen in der Zone ebenfalls Vermischungen auf:
- Ein Schneemann mit einem Eggmankopf.
- Als sich Copy Robot zeigt, steht er auf einem Stein, der genauso wie Eggmans Kopf aussieht.
- Blumen mit einem Blütenboden mit einem Eggmankopf oder einem Schädel.
- Einen Wilymond und eine Eggmansonne.
- Eggman und Wilyköpfe als Parodie des Mount Rushmore National Memorial.
- Egg Viper und eine Schlange im Urwald.
- Kreuzungen mit Chaos und Met.
- Die typischen Mega Man Blöcke, die nach einer Weile verschwinden und wieder aufkreuzen, regen Sonic auf.
- Die Sprungfedern sind aus dem Sonicuniversum.
- Die Roboticized Masters tragen Kennungen wie die Robot Master (EWN).
- In der Wüstenzone taucht ein Badnik aus der Sonic the Hedgehog serie auf: Ein Skorp.
- Ebefalls taucht auch ein Kerog, mehrere Tackle Fires und ein Sasoreenu auf.
- Eine Kreuzung aus Chao und Met graben einen Burrobot aus.
- Das Wort Mega Muck wird erwähnt. Dies ist ein Gift im Sonic the Hedgehog Universum.
Gleichzeitig bauten die beiden Genies ihre gemeinsame Festung, das Wily Egg, auf, eine Mischung aus dem Death Egg von Eggman und einigen Verziehrungen die einem Schädel ähneln.